小容量双层摇瓶机是培养好气性微生物的小型试验设备或作为种子扩大培养之用，常用的有往复式和旋转式两种。往复式的往复频率一般在80~140次/min，冲程一般为5~14cm，如频率过快、冲程过大或瓶内液体装量过多，在摇动时液体会溅到包扎瓶口的纱布或棉塞上，导致杂菌污染，特别是启动时更容易发生这种情况。旋转式的偏心距一般在3~6cm之间，旋转次数为60~300rpm。
放在小容量双层摇瓶机上的培养瓶(一般为三角瓶)中的发酵液所需要的氧是由空气经瓶口包扎的纱布(一般8层)或棉塞通入的，所以氧的传递与瓶口的大小、瓶口的几何形状、棉塞或纱布的厚度和密度有关。在通常情况下，摇瓶的氧吸收系数取决于摇瓶机的特性和三角瓶的装样量。
往复式是利用曲柄原理带动摇瓶机作往复运动，机身为铁制或木制的长方框子，有一层至三层托盘，托盘上有圆孔备放培养瓶，孔中凸出一个三角形橡皮，用以固定培养瓶并减少瓶的振动，传动机构一般采用二级皮带轮减速，调换调速皮带轮可改变往复频率。偏心轮上开有不同的偏心孔，以便调节偏心距。往复式的频率和偏心距的大小对氧的吸收有明显的影响。
旋转式是利用旋转的偏心轴使托盘摆动，托盘有一层或两层，可用不锈钢板、铝板或木制板制造。在三个偏心轴上装有螺栓可调节上下，使托盘保持水平。这种摇瓶机结构复杂，造价高。其优点是氧的传递较好、功率消耗小、培养基不会溅到瓶口的纱布上。
小容量双层摇瓶机还具有以下几种优势：
机芯采用铸铁和NSK进口轴承使机械更坚固耐用；
交流感应长寿命电机、款、宽调速、恒力矩、无碳刷、免保养；
震动台面均采用304不锈钢材料，拆下时十分方便，清洗起来也很方便；
多种摇架和夹具可供选择，摇架和夹具更换简便，大大提高了工作效率；
该机还采用微电脑控制频率，自带定时功能，温和振荡启动功能，可以防止器皿内的样品溅溢，并且可以避免设备意外启动和停止；
部件转速监测电路，当监测到转速过快和过慢时能停止振荡，保证安全运行不发生故障；
小容量双层摇瓶机的制作工艺，确保机械运转更稳定更可靠；
*的电机过热，温度失控自动断电保护装置。
